Вы можете загружать подкаталог, заменяя свой sbin init скриптом, который использует pivot_root, процесс является отрывочным, и различные люди сообщают об отказе как можно больше. Итак, попробуйте и посмотрите, но держите живой компакт-диск в случае, если ваша система становится не загружаемой.
Подробности здесь: http://linux.die.net/man/8/pivot_root
[d3 ] Что мы можем сделать, это автоматическая система для загрузки нескольких корней с одного и того же диска. Это должно быть программно возможно.