квартира не работает

Я видел похожие ошибки, но ни одно из исправлений не помогло мне (я попытался удалить все файлы .disable, но в ответ получил «нет такого файла»)

I Я использую Ubuntu 14.04, установленную на сервере, поставляемом поставщиком, к которому у меня есть права администратора. Каждый раз, когда я пытаюсь использовать apt-get install или apt-get upgrade и т. Д., Я получаю этот вывод или аналогичный, и кажется, что ничего не изменилось или не было установлено:

admin@:$ sudo apt-get upgrade
Reading package lists... Done
Building dependency tree
Reading state information... Done
Calculating upgrade... Done
The following packages were automatically installed and are no longer required:
  authbind clusterssh gdebi-core genders ion-igv ion-jk libapache2-mod-jk
  libarchive13 libclass-data-inheritable-perl libcommons-collections3-java
  libcommons-dbcp-java libcommons-pool-java libdevel-stacktrace-perl
  libecj-java libelfg0 libexception-class-perl libgenders0
  libgeronimo-jta-1.1-spec-java libglib2.0-bin libhdb9-heimdal libkdc2-heimdal
  libnettle4 libntdb1 libpackagekit-glib2-16 libservlet3.0-java
  libtomcat7-java libtry-tiny-perl libx11-protocol-perl lsscsi packagekit
  packagekit-backend-aptcc packagekit-tools pdsh python-beautifulsoup
  python-calabash python-jsonpipe python-ntdb python3-chardet python3-debian
  python3-packagekit python3-pkg-resources python3-six tomcat7 tomcat7-admin
  tomcat7-common zeroinstall-injector
Use 'apt-get autoremove' to remove them.
The following packages have been kept back:
  isc-dhcp-client isc-dhcp-common libgl1-mesa-glx libglapi-mesa
  linux-headers-generic
0 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 5 not upgraded.
N: Ignoring file 'iontorrent-ubuntu.list.USBinstaller' in directory '/etc/apt/sources.list.d/' as it has an invalid filename extension
N: Ignoring file 'ionreporter-plugin.list.USBinstaller' in directory '/etc/apt/sources.list.d/' as it has an invalid filename extension
N: Ignoring file 'usb.list.USBinstaller' in directory '/etc/apt/sources.list.d/' as it has an invalid filename extension
N: Ignoring file 'iontorrent-offcycle.list.USBinstaller' in directory '/etc/apt/sources.list.d/' as it has an invalid filename extension
N: Ignoring file 'iontorrent.list.USBinstaller' in directory '/etc/apt/sources.list.d/' as it has an invalid filename extension
N: Ignoring file 'iontorrent-ubuntu.list.USBinstaller' in directory '/etc/apt/sources.list.d/' as it has an invalid filename extension
N: Ignoring file 'ionreporter-plugin.list.USBinstaller' in directory '/etc/apt/sources.list.d/' as it has an invalid filename extension
N: Ignoring file 'usb.list.USBinstaller' in directory '/etc/apt/sources.list.d/' as it has an invalid filename extension
N: Ignoring file 'iontorrent-offcycle.list.USBinstaller' in directory '/etc/apt/sources.list.d/' as it has an invalid filename extension
N: Ignoring file 'iontorrent.list.USBinstaller' in directory '/etc/apt/sources.list.d/' as it has an invalid filename extension

Я не уверен, как или что мне нужно изменить, чтобы заставить работать только стандартные пакеты Ubuntu 14.04 apt.

Я довольно новичок в этой области устранения неполадок в UNIX, поэтому любая помощь будет фантастической! Пожалуйста, дайте мне знать, если вам нужна дополнительная информация.

Редактировать 1: По предложению @Jos я звоню sudo apt update с похожим результатом:

 Ign file: updates/ InRelease
Ign file: updates/ Release.gpg
Ign file: updates/ Release
Ign file: updates/ Translation-en_US
Ign file: updates/ Translation-en
Reading package lists... Done
N: Ignoring file 'iontorrent-ubuntu.list.USBinstaller' in directory '/etc/apt/sources.list.d/' as it has an invalid filename extension
N: Ignoring file 'ionreporter-plugin.list.USBinstaller' in directory '/etc/apt/sources.list.d/' as it has an invalid filename extension
N: Ignoring file 'usb.list.USBinstaller' in directory '/etc/apt/sources.list.d/' as it has an invalid filename extension
N: Ignoring file 'iontorrent-offcycle.list.USBinstaller' in directory '/etc/apt/sources.list.d/' as it has an invalid filename extension
N: Ignoring file 'iontorrent.list.USBinstaller' in directory '/etc/apt/sources.list.d/' as it has an invalid filename extension

Я полагаю, это потому, что у поставщика есть машина, настроенная на игнорирование исходной конфигурации apt manager в пользу получения обновления через собственные файлы пакетов? Я не уверен, как это диагностировать или исправить эту проблему.