Вы можете попробовать инструмент переименования файлов, такой как те, которые указаны в ссылке, предоставленной тахионами в комментариях.
Если это не удается, вам может понадобиться что-то скриптовать.
Как вы говорите в вопросе, вы знаете PHP, почему бы не написать решение самостоятельно в PHP. То, что вы предлагаете, кажется разумным.
Для новых версий единства с 12.04 это не слишком просто (ссылка). Но для большинства других пакетов вы можете установить из PPA, а затем получить новую версию (link).