Gnome использует диспетчер сеансов (gnome-session), чтобы отслеживать, что ему нужно делать. Он отвечает за воссоздание всей сессии, всех подпроцессов, восстановление состояния и сохранение ее при выходе из системы.
GNOME предоставляет инструменты, позволяющие вашему приложению плавно перейти от сеанса к сеансу. Пользователи могут выйти из работы с запущенными приложениями и полностью восстановить эти приложения при их входе в систему. - из библиотеки документации Gnome. Среди прочего менеджер сеансов пытается сохранить экземпляр Nautilus. Nautilus должен зарегистрироваться в диспетчере сеансов для этого - что он делает по умолчанию; Естественно, есть опция командной строки, чтобы отключить его:
nautilus --sm-disable
Вы можете убить работающий процесс Nautilus навсегда, запустив:
killall -9 nautilus