Это нормально, оба файла на рабочем столе установлены с ним:
$ dpkg -S desktop | grep imagemagick
imagemagick: /usr/share/applications/display-im6.desktop
imagemagick-6.q16: /usr/share/applications/display-im6.q16.desktop
Две опции здесь:
sudo apt-get purge imagemagick imagemagick-6.q16
alacarte
(легкий инструмент редактирования меню GNOME).