Я получил это:
error while loading shared libraries: liblzma.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
Я пытался:
sudo apt-get install liblzma5
sudo apt-get install liblzma-dev
, но они не работали. Как установить отсутствующий файл общей библиотеки?
РЕДАКТИРОВАТЬ:
Я с нуля собрал свою систему из следующего файла Docker.
FROM biocontainers/biocontainers:latest
USER root
RUN apt-get update
RUN apt-get install -y vim
RUN apt-get install -y sudo
RUN conda install -y bwa
RUN conda install -y GATK
RUN conda install -y samtools
RUN conda install -y picard=2.3.0
WORKDIR /protocol
liblzma.so.0
использовалась более старой версией liblzma, я думаю, до v5 (которая была выпущена около 2010 года).
Попробуйте скомпилировать v4.999.9beta из https://tukaani.org/xz/old.html
. Ссылки на ссылки с liblzma.so.5
на liblzma.so.0
могут работать или вызывать ошибки или другие ошибки.
1. Загрузите xz-utils с tukaani.org
2. Извлеките tarfile $ tar -xvf xz-*.tar.gz
3. Сборка $ cd xz*
$ ./configure && make
4. Установите $ sudo make install
5. Переконфигурируйте динамические привязки линкеров $ sudo ldconfig /usr/local/lib
Теперь pacman должен снова работать. Установите xz-utils с помощью pacman:
$ sudo pacman -S core/xz-utils
Теперь вы можете удалить установленные вручную xz-utils, просмотрев его исходный каталог и:
$ sudo make uninstall
Исходный каталог и загруженный tarfile теперь можно удалить, и все должно быть в порядке.
edit: Просто чтобы быть в безопасности, сделайте еще один pacman -S core / xz-utils после удаления установленного вручную пакета.
Здесь находится актуальная тема, https://bbs.archlinux.org/viewtopic.php?id=77382
.