Где я могу поместить java-программы (Selenium RC в моем случае)

Это зависит от того, какую версию Ubuntu вы используете. В 11.10 вы можете найти «Системные настройки», щелкнув значок шестеренки в правом верхнем углу экрана. Выберите это, и в появившемся диалоговом окне выберите «Экран». Вы можете установить время, в течение которого ваш компьютер будет простаивать до того, как экран закроется в раскрывающемся меню, или отключите эту функцию, нажав кнопку «Lock».

Если у вас установлена ​​более старая система, вы возможно, придется искать в другом месте для этой настройки, но она где-то там.