На этот вопрос уже есть ответ здесь:
Кто-нибудь может сказать мне, в чем разница между установкой python модуль с помощью pip3 install "something" и sudo apt install "something"? Например: sudo apt install python3-sklearn и pip3 install scipy --user
apt install загружает и устанавливает приложения для операционной системы.
pip3, с другой стороны, устанавливает модуль для Python, а не операционной системы