Запустите gconf-editor, затем в /apps/gnome-power-manager/lock снимите флажок suspend.
Если вы установите обновление ядра, вам придется перекомпилировать модули ядра Virtual Box, чтобы он работал после загрузки с новым ядром. Вы не могли установить какие-либо новые обновления ядра.
Я не уверен, почему вам придется перезагружать гостевую ОС. Повторная компиляция модулей ядра должна выполняться с главной машиной и не должна изменять состояние гостевой ОС.