Я не совсем уверен, спрашиваете ли Вы о whereis или which, таким образом, я просто собираюсь обратиться к обоим.

whereis

whereis определяет местоположение двоичного файла, источника и ручных файлов для указанных названий команды. (…) [Это] пытается определить местоположение желаемой программы в стандартных местах Linux, и в местах, указанных $PATH и $MANPATH.
(…)
Самый легкий способ знать, какие пути используются, состоит в том, чтобы добавить -l список опции.
_{Источник: man whereis}

Выполненный whereis -l получить список путей использование программы. По умолчанию это ищет двоичный файл, источник и ручные файлы, можно изменить то поведение с -b, -s и -m опции, например.

$ whereis -m apt
apt: /usr/share/man/man8/apt.8.gz
$ whereis -b apt
apt: /usr/bin/apt /usr/lib/apt /etc/apt

В отличие от этого, which (см. ниже), whereis не тестирует, является ли файл исполняемым файлом при поиске двоичных файлов, вот почему touch /bin/apt изменяет его вывод.

which

which возвращает пути (…) путем поиска ПУТИ исполняемые файлы, соответствующие названиям аргументов.
_{Источник: man which}

Что which делает

Я беру его which делает по существу то же как это find команда:

IFS=':'; find $PATH -mindepth 1 -maxdepth 1 -type f -executable -name "SEARCH"

Это ищет каждый каталог, существующий в PATH для названных исполняемых файлов SEARCH, например, для apt:

$ which apt
/usr/bin/apt
$ IFS=':'; find $PATH -mindepth 1 -maxdepth 1 -type f -executable -name "apt"
/usr/bin/apt

Почему Ваша попытка перестала работать

По умолчанию which только печатает первое соответствие от PATH каталоги, т.е. файл, который выполняется. С touch /bin/apt Вы действительно создавали файл, соответствующий ограничению имени, но Вы забыли делать его исполняемым файлом, и Вы не вышли which производить aсоответствия ll. Давайте попробуем это снова:

$ touch /bin/apt
$ chmod +x /bin/apt
$ which -a apt
/usr/bin/apt
/bin/apt
$ IFS=':'; find $PATH -mindepth 1 -maxdepth 1 -type f -executable -name "apt"
/usr/bin/apt
/bin/apt