Иногда программа показывает всплывающие подсказки или диалоговые окна или некоторые другие вещи, но область, в которой они отображались, никогда не исчезает, если программа не закрывается. Смотрите картинки для примера.
Я использую Gnome и Ubuntu 16.04. Но я также встречал такие ситуации в других средах.