Кажется, что есть проблема с 12.04 Unity 3D и текущими драйверами Nvidia.
См. этот пост (Unity 3d больше не работает после установки 12.04), чтобы узнать, как обойти эту проблему.
У меня 32-разрядный Pentium 4 3,06 ГГц Compaq D520SFF, с Nvidia GeForce 6200, работающий под управлением ядра 3.2.0-24-generic-pae, и имел точно такую же проблему (2D-работы, 3D не) , и понижение драйверов Nvidia получило 3D-работу для меня через пару минут.