Создайте файл /etc/ufw/applications.d/mysql-server и включите следующее содержимое.
[MySQL]
title=MySQL Relational Database Server
description=MySQL is a Relational Database Server commonly used in a variety of ways including to host the database of websites
ports=3306/tcp
Команда запуска: sudo ufw allow MySQL
Вам должно быть хорошо идти. Не стесняйтесь дать ему лучшее название и описание. Я просто бросил что-то быстро.