Попробуйте Glade Interface Designer, конструктор интерфейса GTK / Gnome, обычно используемый для реальных приложений, но в равной степени можно использовать для прототипов.
Взгляните на базу LibreOffice. Его система базы данных GUI (аналогичная MS Office Access), которая позволяет вам соединить (я считаю) практически любую базу данных, на которую вы имеете права доступа.
Посмотрите в программном центре Ubuntu и найдите LibreOffice Base или запустите sudo apt-get install libreoffice-base*. Эта команда установит все необходимое для работы Base.
Вы можете использовать SQLyog на Wine / LINUX с рабочим столом GNOME, см. страницу продукта на странице продукта TAB SQLyog на странице Wine / Linux