Я столкнулся с этой странной ситуацией в Ubuntu 14.04 (64bit) при использовании эмулятора Genymotion. Я всегда использовал X.Org X сервер с открытым исходным кодом драйвер для повседневного использования. Драйвер работает нормально, за исключением мерцания экрана эмулятора genymotion (при попытке доступа к панели уведомлений Android).
Я связался с поддержкой genymotion. Они упомянули, что эта ситуация может быть связана с видеокартой (у меня ATI Radeon HD 54xx). Я перешел на проприетарные драйверы AMD, проблема с панелью уведомлений Android, похоже, исчезла. Проблема в том, что ноутбук загружается с низкой разрешающей способностью загрузки (пока не появится логин).
В настоящее время я снова переключился на драйвер X.Org, так как эта проблема не так велика. Но я бы хотел, чтобы это было решено.