Я заметил, что какое-то время в Наутилусе не было кнопки для шифрования чего-либо с 11.10 или 11.04, но теперь мне нужно что-то зашифровать, и оно не появилось снова.
Truecrypt является хорошей альтернативой. Следуйте инструкциям здесь.