Почему курсор зависает в терминалах?

Это не ошибка, а функция экономии энергии. См. Этот отчет об ошибке на панели запуска:

• Курсор в окне активного терминала перестает мигать через десять секунд.

Вы даже можете остановить мигание курсора, обратитесь к этому вопросу, чтобы увидеть, как:

• Как отключить мигающий курсор в терминале gnome?

Ранее предоставленный ответ на этот вопрос не работает в Xubuntu 18.04, где время ожидания мигания курсора для приложений GTK, по-видимому, контролируется xfconf, а не dconf.

Если вы пользователь Xubuntu, вы можете сделать следующее, чтобы курсор продолжал мигать в приложениях на основе GTK (включая gnome-терминал, xfce4-терминал, gedit, pidgin и многие другие):

1. Откройте Settings Editor из меню Settings.
2. Выберите xsettings «канал» в левой части интерфейса.
3. Нажмите New.
4. Имя свойства должно быть /Gtk/CursorBlinkTimeout
5. . Установите его как целочисленное свойство.
6. Укажите большое количество (но менее 2 миллиардов).
7. Нажмите Save