Отладка WOL не настроена на сервере Ubuntu 12.04

Вы можете быть похожими на меня и иметь файл /etc/apt/apt.conf.d/99synaptic, скрывающийся вокруг. Я все еще не совсем уверен, откуда появился этот файл, но он содержит одну строку:

APT::Install-Recommends "true";

Это наверняка переопределило бы изменение в /etc/apt/apt.conf. Я не вижу, что файл уже используется каким-либо пакетом, поэтому я бы предложил просто удалить его (проверьте, что содержимое похоже) или заменить true на false.