Пользователь 'user' существует на сервере. Группа 'homeusers' существует на сервере.
Вот что происходит:
user@localhost / $ ssh user@server
user@server:~$ lsb_release -a
Description: Ubuntu 12.04.3 LTS
user@server:~$ cd /mount/somedir/
user@server:/mount/somedir$ ls -al
drwxrwxrwx 1 root root 4096 Nov 24 20:55 .
drwxr-xr-x 5 root root 4096 Nov 30 10:11 ..
drwxrwxrwx 1 root root 4096 Dec 2 02:11 somechild
user@server:/mount/somedir$ sudo chown -v user:homeusers somechild
changed ownership of `somechild' from root:root to user:homeusers
user@server:/mount/somedir$ ls -al
drwxrwxrwx 1 root root 4096 Nov 24 20:55 .
drwxr-xr-x 5 root root 4096 Nov 30 10:11 ..
drwxrwxrwx 1 root root 4096 Dec 2 02:11 somechild
Вы правы. NTFS является виновником. Ubuntu будет монтировать раздел NTFS как root, но со всеми разрешениями как 777 для файлов и 755 для каталогов.
Как уже упоминалось, вы можете указать владельца с помощью команды mount:
sudo mount -o uid=`id -u user` /dev/sdX /mount/somedir