Я думаю, что я могу одновременно запускать два экземпляра Ubuntu

Действительно. Системы на обоих концах провода быстрее с их собственными файловыми системами. Ubuntu использует (медленнее) драйвер FUSE для NTFS, но ext4 встроен в ядро; NTFS встроена в ядро ​​Windows.