Как вы запускаете файлы сценариев оболочки без использования терминала в Ubuntu? Как просто дважды щелкнув по нему. Я знаю, что в Xubuntu это так, но не в обычной Ubuntu.
Перейдите к Редактированию> Предпочтения> Поведение и проверьте опцию "Run executable text files when they are opened"