xmodmap теряет пользовательские настройки в некоторых случаях

Все.

Я переназначаю поведение клавиши Cmd, чтобы действовать как Ctrl с xmodmap. Все работает нормально, но в некоторых случаях xmodmap теряет мои пользовательские настройки и возвращается к настройкам по умолчанию. То есть когда я нажимаю Ctrl-пробел (изменить раскладку клавиатуры в моем случае) или когда я фокусируюсь на окне чата Skype. Любое предложение, почему это происходит и как этого избежать?