Когда вы запускаете gedit через sudo, он фактически работает под учетной записью суперпользователя. Вот почему плагины, установленные в обычном gedit (ваша учетная запись), не отображаются на sudo gedit (работает под другой учетной записью).
Плагины установлены в каталоге вашего [user1] вашего текущего пользователя. Если вы хотите, чтобы они были доступны по всему миру, вы можете установить их вручную в /usr/share/gedit/plugins.
Кроме того, тот факт, что они выглядят по-разному, потенциально может быть вызван разными настройками. Бьюсь об заклад, вы изменили настройки своей учетной записи, но учетная запись суперпользователя остается с настройкой по умолчанию.