Может случиться так, что многие воспринимаемые переменные при запуске или при открытии программ - это файлы конфигурации чтения linux и т. д. с диска. Поэтому лучше всего смотреть с помощью программы системного монитора, прежде чем предполагать, что доступ к жесткому диску происходит из-за замены.