Как Linux знает, как выполнить командный код оболочки и машинный код?

Установите другой эмулятор терминала и попробуйте запустить gnome-terminal, посмотрите, какие сообщения об ошибках вы получите, если они есть.

Вы также можете использовать ctrl-alt-f1 для переключения в режим терминала, но запуск X программ там может быть сложным.