Ошибки, связанные с установкой RSeQC
У меня установлен Python 2.7.6, но при запуске скрипта python (скрипты RSeQC) с командой:
$ python script.py
я получил ошибки:
ImportError: No module named qcmodule
или
ImportError: No module named bx.bitset.
Какие предварительные условия мне нужно установить?
1
задан edwinksl
27 July 2016 в 11:31
поделиться
2 ответа
Я полагаю, что Вам, возможно, понадобится:
Первый,
sudo pip2 install qc bitsets RSeQC
Затем,
sudo pip2 install --upgrade cython bx-python pysam RSeQC numpy
, С другой стороны
Переустанавливают RSeQC:
sudo apt-get install libpython2.7-dev
wget 'http://downloads.sourceforge.net/project/rseqc/RSeQC-2.6.4.tar.gz'
tar zxvf RSeQC-2.6.4.tar.gz
RSeQC-2.6.4
python ./setup.py build
sudo python ./setup.py install
Это должно создать необходимые модули. Если ошибка сохраняется, установите переменную среды для корректных путей к модулям.
0
ответ дан mchid
27 July 2016 в 11:31
поделиться
Попробуйте те команды:
sudo pip install -U qcmodule
sudo pip install -U bx.bitset
0
ответ дан Maythux
27 July 2016 в 11:31
поделиться