НИКАКОЙ файл в ~ не должен принадлежать корню.

, Если программное обеспечение требует, чтобы файл в Ваш корневой каталог принадлежал другому пользователю, это - ошибка и должно быть сообщено как таковое.

Кроме этого, общий падеж включает два связанного с безопасностью программного обеспечения, которые требуют ограниченных полномочий на определенных файлах, а именно:

1. SSH
2. GPG

SSH

Видит man ssh, разделяет FILES:

 ~/.ssh/config
     This is the per-user configuration file.  The file format and
     configuration options are described in ssh_config(5).  Because of
     the potential for abuse, this file must have strict permissions:
     read/write for the user, and not writable by others.  It may be
     group-writable provided that the group in question contains only
     the user.

 ~/.ssh/identity
 ~/.ssh/id_dsa
 ~/.ssh/id_ecdsa
 ~/.ssh/id_ed25519
 ~/.ssh/id_rsa
     Contains the private key for authentication.  These files contain
     sensitive data and should be readable by the user but not acces‐
     sible by others (read/write/execute).  ssh will simply ignore a
     private key file if it is accessible by others.  It is possible
     to specify a passphrase when generating the key which will be
     used to encrypt the sensitive part of this file using 3DES.

Другие файлы как authorized_keys, known_hosts, и т.д. должны быть перезаписываемыми только пользователем, но могут быть читаемыми миром.

GnuPG

~/.gnupg (и содержание) должен быть доступным только Вами. С другими полномочиями GPG будет жаловаться на небезопасные полномочия.

В общих файлах и каталоге в Вашем доме должен принадлежать Вам.
у меня есть некоторые странные корневые файлы, которые являются, вероятно, результатом выполнения sudo команда; на самом деле существуют программы, которые пишут вещи под $HOME (какие программы хорошего поведения, требующие полномочий суперпользователя, не должны делать---, эффект является корневым владением взятия файлов, которые должны принадлежать пользователю).
Обычно удаление или перевладение ими (в зависимости от файла) не создают проблемы, и часто это решает некоторых, как печально известное .Xauthority файл---и иногда, после выполнения sudo dconf-editor, у Вас есть вещи в конфигурациях, которые Вы не можете больше изменять.

О специальных режимах:

• сценарии должны быть исполняемым файлом, конечно, по крайней мере, владельцу;
• так должны быть каталоги также (где x право средств пересечься);
• .ssh должен быть drwx------ (0700) и закрытые ключи в нем -rw------- (0600)
• , если Вы имеете Public каталог для совместного использования, это должно быть, вероятно drwxr-xr-x (разрешение чтения любому) или drwxrwxrwt (с разрешением записи и липким битом для включения записи).

... Я не могу думать ни к чему больше специального режима необходимости.