.deb, встроенный в PPA, не устанавливает мой двоичный файл

Это зависит от того, какая версия доступна там. Чтобы узнать, какая версия будет установлена, с добавленными репозиториями вы можете запустить apt-cache policy x, чтобы следовать вашему примеру, и он покажет вам установленную версию и кандидата (которая является версией, которая будет установлена, если вы устанавливаете или обновляете).