Просто используйте javaws, как обычно.
javaws /path/to/your.jnlp
Если вы хотите открыть в nautilus:
щелкните правой кнопкой мыши на вашем файле -> Открыть с другим приложением ... -> Использовать пользовательскую команду -> /usr/bin/javaws [ ! d2]