Есть ли лучший способ предотвратить это, возможно, из командной строки. Я использую рабочий стол KDE.
Это зависит от приложения, которое Вы запустили. Иногда приложение имеет свою собственную установку, которая говорит, "Запускают каждую начальную загрузку". Это помогло бы знать, какое приложение это, поскольку каждое приложение работает по-другому с системой.