Я собираюсь обновить до 16.04. Я хотел бы знать, изменит ли он мои настройки на настройки по умолчанию для всех приложений или нет.
Скорее всего, не, однако все это зависит от того, как Вы идете об обновлении.
можно или использовать updater (Который, скорее всего, сохранит каждую настройку, которую Вы установили, затем добавляют все новые опции).
Или полностью переустанавливают Ubuntu от LiveCD и для этого стирания всего.