Это также случилось со мной только сейчас, на квантовом дистрибутиве. (на самом деле это происходило около недели, и я просто выходил из терминала). Теперь, когда я просмотрел его, ppa, вызывающий проблему в моем случае, был VLC:
Ign ftp://ftp.videolan.org ./ Release
Err ftp://ftp.videolan.org ./ Packages
Server closed the connection
Err ftp://ftp.videolan.org ./ Translation-en_PH
Server closed the connection
Err ftp://ftp.videolan.org ./ Translation-en
Server closed the connection
Fetched 898 kB in 17min 4s (876 B/s)
W: Failed to fetch ftp://ftp.videolan.org/pub/debian/stable/./Release.gpg Server closed the connection
W: Failed to fetch ftp://ftp.videolan.org/pub/debian/stable/./Packages Server closed the connection
W: Failed to fetch ftp://ftp.videolan.org/pub/debian/stable/./en_PH Server closed the connection
W: Failed to fetch ftp://ftp.videolan.org/pub/debian/stable/./en Server closed the connection
E: Some index files failed to download. They have been ignored, or old ones used instead.
Кажется они выпустили новое обновление за последнюю неделю или около того; это может вызвать проблемы. Тем не менее я отключил VLC ppa в software sources тем временем, и он решил проблему.