Каждый раз, когда я подключаю наушники, это появляется на моем экране:
Я никогда не буду, до конца своей жизни используйте гарнитуру. Я не заинтересован в этом варианте.
Нажатие «Настройки звука» не дает возможности использовать наушники по умолчанию до конца времени (или любого периода времени).
Как я могу предотвратить появление этого всплывающего окна?
Если вы используете новые версии Ubuntu, ознакомьтесь с этим ответом. Как отключить всплывающее окно «Выбор аудиоустройства» в Ubuntu 18.04
Я не уверен, что оно работает в Ubuntu 16.