На этот вопрос уже есть ответ здесь:
Как я могу обойти заблокированные файлы из "ненадежных" источники? Я использую 15.10 (Wily Werewolf)
Необходимо дать ему исполняемый бит.
Выполнение эта команда в терминале ( ctrl + высокий звук + t ):
sudo chmod +x yourfle.jar
Затем можно обычно выполнять его с:
java -jar yourfile.jar
Хотя версия программы, уже отправленная, легче для пользы полноты, можно также щелкнуть правой кнопкой по .jar в файловом менеджере, переходят к Полномочиям, и выбор позволяют выполнять файл как программу.
Введите в терминале:
sudo chmod +x file.jar
Это должно решить проблему.