Почему некоторые файлы в / etc имеют числовой префикс?

Да это для упорядочивания, и обычно что-либо не запускающееся с числа проигнорировано.

файлы затем читаются и выполнились в порядке.

Так, например, в /etc/grub.d/

$ ls /etc/grub.d/
00_header    10_linux      20_memtest86+  30_uefi-firmware  41_custom
05_debian_theme  20_linux_xen  30_os-prober   40_custom     README

grub сценарий для создания записей загрузки (как update-grub, который значением по умолчанию пишет им в /boot/grub/grub.cfg) будет сначала читать 00_header и создавать заголовок, затем искать системы Linux, затем эти memtest, затем UEFI, и так далее.

при рассмотрении вывода

cat /boot/grub/grub.cfg

, Вы будете видеть, что записи находятся точно в том порядке.

$ cat /boot/grub/grub.cfg
#
# DO NOT EDIT THIS FILE
#
# It is automatically generated by grub-mkconfig using templates
# from /etc/grub.d and settings from /etc/default/grub
#

### BEGIN /etc/grub.d/00_header ###
if [ -s $prefix/grubenv ]; then
[...]
### END /etc/grub.d/00_header ###

### BEGIN /etc/grub.d/05_debian_theme ###
[...]
### END /etc/grub.d/05_debian_theme ###

### BEGIN /etc/grub.d/10_linux ###
function gfxmode {
[...]    
### END /etc/grub.d/10_linux ###

### BEGIN /etc/grub.d/20_linux_xen ###

### END /etc/grub.d/20_linux_xen ###

### BEGIN /etc/grub.d/20_memtest86+ ###
menuentry 'Memory test (memtest86+)' {
[...]
### END /etc/grub.d/20_memtest86+ ###


[...]