В поисках способа выяснить, может ли и где на моем рабочем столе и сервере Ubuntu работать какой-либо вредоносный бот, и как безопасно его удалить.
Возможности Вас заражаемый вредоносным программным обеспечением являются очень низкими, но лучше быть безопасным. Смотрите на официальное руководство справки Ubuntu здесь .
Это перечисляет различные антивирусные программы, которые могут возможно обнаружить, если Ваша система выполняет какой-либо экземпляр вируса/вредоносного программного обеспечения/шпионского ПО и т.д.