Ошибка разрешения Docker после использования опции --user

Ошибка среды Python после запуска контейнера настройки с --user 1000: 1000.

Я использую Docker-контейнер, который создает файлы в смонтированной папке. Чтобы изменить разрешение созданных файлов, я попытался запустить контейнер с --user. Это позволяет контейнеру работать, но когда позже я выполняю команду в контейнере, он выдает ошибку.

Какой вариант следует использовать, чтобы он не нарушал переменную среды и создавал файл с правами не-root. Это изображение загружено

docker run --rm -v /xy:/gatk/xy --name cnv_gatk -u 1000:1000 -t -d broadinstitute/gatk:4.1.1.0

docker exec -t cnv_gatk gatk

Ошибка

ValueError: Unable to create the compiledir directory '/root/.theano/compiledir_Linux-4.15--generic-x86_64-with-debian-stretch-sid-x86_64-3.6.2-64'. Check the permissions.
08:54:05.201 DEBUG ScriptExecutor - Result: 1
08:54:05.201 INFO  DetermineGermlineContigPloidy - Shutting down engine
[September 19, 2019 8:54:05 AM UTC] org.broadinstitute.hellbender.tools.copynumber.DetermineGermlineContigPloidy done. Elapsed time: 0.04 minutes.
Runtime.totalMemory()=2142765056
java.lan