Я также отметил, что также необходимо удалить обработчика (обработчиков) сообщений во время разрушения, иначе обработчик (обработчики) будет все еще жить на (даже если все остальное о webview будет освобождено):

WKUserContentController *controller = 
self.webView.configuration.userContentController;

[controller removeScriptMessageHandlerForName:@"message"];