Как Вы добавляете немного поля для пространства значка рядом с пунктами меню в меню панели Единицы? Я пытаюсь заставить пункты меню казаться более последовательно выровненными, когда существуют оба пункты меню значок with/without в меню. Я говорю об этом
Я предполагаю, что это проводит только немного строк изменений в unity.css в/gtk-3.0/apps, но я не уверен, что измениться там. Это - тема Окружения по умолчанию.
Не чистое решение, которое Вы ищете, но Вы могли создать значок, полный прозрачности.
Это выполнило бы цель последовательного расположения/добавления отступа. Используя прозрачность также сделал бы это портативным через темы.