Я нахожу расширение чистки удобный. Использование:

hg purge

"Это расширение производит чистку всех файлов и каталогов, не прослеживаемых Подвижным" - включая .orig файлы, но, исключая проигнорированные файлы (если Вы не используете - все).

Я сделал этот пакетный файл сам.

IF "%1%" == "d" (
    del /s *.orig
    del /s *.rej
 ) ELSE ( 
    del /s /p *.rej
    del /s /p *.orig
 )

Справка: Сохраните это содержание как orig.bat

1. Выполнение orig d для удаления всех отклонений и orig файлов сразу без подтверждения
2. Выполнение orig для удаления файлов с подтверждением [Механизм безопасности]

Hope, это полезно.