При импорте сертификата с помощью.NET определенные флаги импорта должны использоваться:

/// <summary>
/// Imports X.509 certificate from file to certificate store.
/// </summary>
/// <param name="fileName">Certificate file.</param>
/// <param name="password">Password.</param>
/// <param name="storeName">Store name.</param>
/// <param name="storeLocation">Store location.</param>
public static void ImportCertificate(string fileName, string password, StoreName storeName, StoreLocation storeLocation) {
    var keyStorageFlags =
        X509KeyStorageFlags.PersistKeySet
        | (storeLocation == StoreLocation.LocalMachine ? X509KeyStorageFlags.MachineKeySet : X509KeyStorageFlags.UserKeySet);
    var cert = new X509Certificate2(fileName, password, keyStorageFlags);
    var store = new X509Store(storeName, storeLocation);
    store.Open(OpenFlags.MaxAllowed);
    store.Add(cert);
    store.Close();
}

ImportCertificate метод является частью Woof.Security пакет, созданный мной.

• https://github.com/HTD/Woof. Безопасность

• https://www.nuget.org/packages/Woof. Безопасность /