Избежать Скрытых файлов при вычислении использования диска?

Неоднозначность, которую Вы получаете, - то, потому что, когда Вы щелкаете правой кнопкой по папке и проверяете ее свойства, она показывает Вам, много измеряет файл/папку, занял на диске, т.е. его использовании диска и не из-за скрытых файлов.

Однако du шоу размер файла, т.е., число байтов файл/папка имеет. Это отличается от размера, занятого файлом/папкой из-за запасные блоки , внутренняя фрагментация и другой параметр, которые зависимы от файловой системы.

Для удаления этой неоднозначности используйте du следующим образом:

du --apparent-size -hs

От страница руководства единицы Добсона:

  --apparent-size
          print apparent sizes, rather than disk usage;
          although the apparent size is usually smaller, 
          it may be larger due to holes in (`sparse') files, 
          internal fragmentation, indirect blocks, and the like