Некоторые окна Eclipse не полностью отображены. Пример: Новый проект, Новый Класс.... Это потеряно некоторые объекты. Снимок экрана:
Вы увеличивали масштабирование шрифта/рабочего стола?
Это может вызвать различие по своим масштабам между окном и его содержанием, например, окно нормально, но содержание больше.
Открывают system settings
и затем universal access
и выключают большие шрифты.
ИЛИ если у Вас есть какой-либо инструмент тонкой настройки гнома инструмента тонкой настройки единицы инструментов тонкой настройки и т.д....) установленный сбрасывает любые опции масштабирования, которые Вы устанавливаете