Общие средства просмотра PDF как Средство просмотра документов и Adobe Reader в Windows обеспечивают закладки для каждой главы как так:
Там должен так или иначе получить ту же функцию в Okular?
можно установить "специальное замечание" с отличительным значком, отмечающим положение каждой закладки. Тем путем Вы можете иметь несколько закладок на странице и быть в состоянии удалить любую закладку, просто удаляющую примечание.