Как я могу открыть приложение с пользовательским сочетанием клавиш?

Первая вещь состоит в том, что необходимо знать, что команда запускает приложение. Из многих приложений команда совпадает с названием приложения, как это появляется в Тире, но это - определенно не всегда случай.

Найдите, что команда запускает приложение

Чтобы найти, что команда запускает приложение, можно изучить его файл на рабочем столе, расположенный в /usr/share/applications; откройтесь файл с gedit (отбросьте его по открытому gedit окну), и ищите строку, начиная с: Exec=. Если Вы, например, изучаете файл: /usr/share/applications/gnome-system-monitor.desktop, Вы будете видеть, что команда для выполнения его:

gnome-system-monitor

Создание сочетания клавиш для запуска приложения

Откройте "System Settings"> "Keyboard"> "Shortcuts"> "Custom Shortcuts". Нажмите "+" для добавления команды, которую Вы нашли в соответствующем .desktop файле. Нажмите на правую сторону в новой записи и введите желаемое сочетание клавиш.

Автоматически генерируйте список всех приложений и их соответствующих команд

Так же, как дополнительное (у меня уже был сценарий), можно использовать сценарий ниже для создания списка всех установленных приложений (имена), их соответствующие .desktop файлы и команда для выполнения его. Вывод похож:

Application name || desktop file || command
===============================================================
Cheese  ||  cheese.desktop   ||   cheese
Ubuntu Software Center  ||  ubuntu-software-center.desktop   ||   /usr/bin/software-center %u
eBook speaker  ||  eBook-speaker.desktop   ||   eBook-speaker %f
Vuze  ||  azureus.desktop   ||   azureus %f
Mines  ||  gnomine.desktop   ||   gnome-mines
Shotwell  ||  shotwell.desktop   ||   shotwell %U
Synaptic Package Manager  ||  synaptic-kde.desktop   ||   synaptic

и т.д.

Сценарий:

#!/usr/bin/python3
import os
dtfile_list = os.listdir("/usr/share/applications")
for item in dtfile_list:
    if item.endswith(".desktop"):
        with open("/usr/share/applications/"+item) as commandlist_source:
            searchlines = commandlist_source.readlines()
        try:
            command_data = ([line for line in searchlines if line.startswith("Name=")][0]\
                            .replace("Name=", "").replace("\n", ""),
                            [line for line in searchlines if line.startswith("Exec=")][0]\
                            .replace("Exec=", "").replace("\n", ""))
            print(command_data[0]," || ", item, "  ||  ", command_data[1])
        except Exception:
            pass

В случае, если требуется использовать его: скопируйте сценарий в пустой файл, сохраните его как get_comnmands.py и выполненный это в окне терминала командой:

python3 get_commands.py