Избавиться от старых РЕПО?

Подумайте об удалении phpMyAdmin полностью, а затем повторно установите его.

Тем не менее, если «apache запущен, а не mySQL», попробуйте также повторно установить mySQL

sudo apt-get install mysql-server-5.1 --reinstall

. Если это не позволяет вам перенастроить пакет, вы можете использовать

sudo dpkg-reconfigure mysql-server-5.1

Это сделает вашу установку LAMP свежей!