Хорошо, после некоторого отслеживания я думаю, что нашел ответ (скрытый каталог):
$HOME/.gnome2/panel2.d/default/launchers
Update: указанный выше путь был только половиной ответа. Благодаря ответу @ DoR, похоже, что пусковые установки панели также должны регистрироваться по адресу:
$HOME/.gconf/apps/panel/objects/