Как проверить, что файл конфигурации был прочитан?

$ skype -h
Skype 4.0.0.8

Usage: skype [options]
Options:
  --dbpath=<path>       Specify an alternative path to store Skype data files.
                        Default: ~/.Skype
  --resources=<path>    Specify a path where Skype can find its resource files.
                        Default: /usr/share/skype
  --disable-api         Disable Skype Public API.
  --callto <nick>
  skype:<nick>?<action>
                        These commands allow Skype links handling.
  --pipelogin           Command line login. "echo username password | skype --pipelogin"
  --version             Display version information and exit.

echo имя пользователя пароль | skype --pipelogin делает то, что вы хотите, но, как сказал Рош: «Кроме того, ваши учетные данные будут раскрыты, и этого следует избегать». Они будут раскрыты в истории оболочки:

$ echo user pass | skype --pipelogin
[...]
$ history
[...]
 2006  echo user pass | skype --pipelogin
 2007  history
$