В общем говоря (и просто очень кратко рассмотрим те инструкции, к которым вы привязались), вы хотите запустить tomcat как пользователь без полномочий root. Это более безопасно и amp; более удобно (поскольку вам не нужно делать все как root).
Но это также означает, что tomcat должен работать на более высоком порту (например, 8080 или такой). А для обслуживания клиентских запросов на более общем порту 80 вы запускаете Apache на порт 80 перед Tomcat (который также описывается инструкциями), а Apache подключается к tomcat через mod_jk на другом порту (например, 8009 (http) или 8443 (https) или такой).
Теперь, чтобы установить Java-приложения в Tomcat, просто введите chown / chmod в свою директорию tomcat, чтобы ваш «пользователь сети» (возможно, ваша собственная учетная запись пользователя без полномочий root) мог писать на нее. Например,
$ sudo mkdir /opt/tomcat
И затем обычно chown (или просто chmod):
$ sudo chown my_user:my_group /opt/tomcat
Теперь сделайте все как учетную запись, отличную от root, и не нужно sudo. Возможно, было бы неплохо иметь полу-ограниченную учетную запись «web-admin», если это общий сервер, а не использовать свой собственный логин.