Я просто архивирую файл в своем удаленном сервере с помощью команды, "разархивировали" в терминале SSH. Это хорошо работает, но оставляет новую папку названной "__ MACOSX".
Там какой-либо путь состоит в том, чтобы сделать это, команда удаляет этот файл после того, чтобы разархивировать?
Это - дополнительная папка, которую делают компьютеры OSX, они скрыты на OSX.
Для исключения папки из извлечения сделайте:
unzip ZipName.zip -x __MACOSX/*
Замена "ZipName" с названием Вашей zip. Важная часть соответствует папке, которая составлена из двух подчеркиваний тогда MACOSX,/* так она, doesn’t извлекают скрытый файл в той папке, а также папке.